员工不辞而别，单位可以依法为其办理离职手续，按照其实际工作的天数向其支付工资;如果因员工辞职给单位造成损失的，则单位可以依法扣除员工的部分工资作为赔偿，或者依法追究员工的其他责任。

法律依据：

《《工资支付暂行规定》》第十六条

因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。